Enfermedad infecciosa emergente. 2025 noviembre;31(11):2128-2137. doi: 10.3201/eid3111.250548.

Mpox es una enfermedad infecciosa reemergente causada por el virus de la viruela del simio (MPXV). La secuenciación del genoma completo proporciona una vigilancia integral del MPXV, pero representa un desafío en entornos de brotes con recursos limitados y en muestras clínicas con baja carga viral. Desarrollamos una estrategia de secuenciación del genoma parcial de bajo costo y alto rendimiento y un sistema gratuito Nextflow para la vigilancia genómica del MPXV. Nos dirigimos a 2 regiones genómicas de MPXV mediante el uso de amplicones cortos superpuestos. Este enfoque basado en amplicones generó secuencias de alta calidad en las dos regiones genómicas a partir de muestras clínicas, incluidas muestras con bajo contenido de ADN viral y de tejidos fijados con formalina. Este enfoque de secuenciación parcial del genoma puede determinar subclados de MPXV y ofrece una estrategia atractiva para reducir costos y mejorar la vigilancia de MPXV durante brotes en países endémicos y no endémicos de mpox.

PubMed:41379605 | DOI:10.3201/eid3111.250548